研究生阶段，农业机械化工程是二级学科，归属于农业工程一级学科。在专业课程方面，通常要考试的科目包括理论力学等。深入理解指定的专业教材与历年真题对成绩提升至关重要。数学二相较于数学一，对考生来说相对有利。考试科目还包括英语和政治。
学硕项目与专业硕士（专硕）项目不同，后者更注重实践应用和技能培养，旨在培养具有行业背景的专业人才。农业机械化及自动化作为一项应用性极强的学科，虽然也强调实践，但更倾向于通过理论研究来推动技术进步，因此东北农业大学选择将其作为学术型硕士项目提供。
机械设计制造及其自动化专业主要课程：工程制图、理论力学、材料力学、机械原理、机械设计、电工电子学、控制工程基础、工程材料、成型技术、机械制造技术、机电传动控制、工程力学实验、电工电子技术试验、机械设计基础实验、工程技术实验等。
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