科学硕士的学习更加注重理论研究和学术探索，而专业硕士则更侧重于实践操作和职业技能的提升，以满足特定职业领域的需求。总的来说，科学硕士和专业硕士在培养目标、招生条件、考试方式以及学习方式上存在显著差异，这些差异决定了它们在学术研究和职业发展上的不同定位。
专业硕士要有半年以上的实习，普通硕士没有这个要求。专业硕士是自筹的，没有奖学金和国家补助（有的学校也会有，但是比普通硕士少）专业硕士的课程和普通硕士不同。也有相同点 专业硕士和普通硕士自筹的学费相同，不得超过普通硕士的最高学费 专业硕士的分数线和普通硕士相同。
侧重点不同 专硕（全称专业型硕士学位）以专业实践为导向，重视职业实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才。学硕（全称学术型硕士学位）按学科设立，其以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养大学教师和科研机构的研究人员。
培养方向不同 普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。招生条件不同 普通硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历。
叫法就不一样，比如考工业设计的学术硕士叫设计学硕士，是大类的方向。但是这个专业的专硕叫工业工程硕士，是小类的方向。专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历（指在职的研究生的条件），而普通硕士则不需要。
研究生科学硕士和专业硕士是国内效仿国外搞出来的一个名堂。在国外培养的科学硕士是为了培养搞科研的人才设立的，而专业硕士是为了培养毕业后去社会工作的人才而设立的。但是在国内完全变味了，以前的专业硕士都是在职的工作人士在读，而且没有补贴待遇没有双证的，也不是全日制的，就是为了混个文凭。
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