临床考试内容方面，也有所区别。306西医综合临床考试集中于内科和外科两门学科，而699临床考试则涵盖了诊断学与外科学总论两门课程。时间维度上，这一区别同样明显。自2016年考研起，306西医综合成为研究生入学考试的必考科目。在2007年之前，该科目满分150分，主要题型为选择题。
区别临床考试内容不一样。306西医综合临床考试内容为内科和外科两门。699临床考试内容为诊断学和外科学总论两门课程。区别四：产生时间不一样。2016考研及之前是研究生入学考试（西医）的一门必考科目，在2007年以前，满分是150分。2007年以后，满分改为300分、题目为180道。
西医综合306和699是两种不同的考试类型，它们的区别主要在于考察的内容和目的。西医综合306是一种专业考试，主要面向临床医学专业的学生，考察的内容包括内外妇儿、诊断、病理、生理等基础医学知识，以及临床实践技能和医疗文书撰写等。
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